Toiminnantarkastaja voi esittää hallitukselle ja isännöitsijälle huomautuksia seikoista, joita ei esitetä toiminnantarkastuskertomuksessa.

Yhtiön edun mukaista on, että mahdolliset epäkohdat korjataan ja epäselvyydet selvitetään mahdollisimman varhain jo hallituksen ja isännöitsijän toimesta.

Käytännössä on myös toiminnantarkastajan velvollisuus tuoda hänen havaitsemansa epäkohdat yhtiökokouksen käsiteltäväksi, jos hallitus ja isännöitsijä eivät niitä viipymättä korjaa. Toiminnantarkastajan on lausuttava myös yhtiön avoimuusperiaatteen ja henkilötietojen suojan toteutumisesta. Lisäksi asunto-osakeyhtiölain tai yhtiöjärjestyksen rikkomisesta on annettava huomautus toiminnantarkastuskertomuksessa.

Hyvä käytäntö on, että toiminnantarkastuskertomuksen lisäksi toiminnantarkastaja antaa tarvittaessa hallitukselle tarkastusmuistion, jossa selvitetään mahdolliset erityishuomiot ja annetaan hallituksen käsiteltäväksi tarkoitettuja suosituksia.

Lain mukaan toiminnantarkastajan on aina huomautettava toiminnantarkastuskertomuksessa, jos tarkastuksessa on ilmennyt, että yhtiön hallituksen jäsen, puheenjohtaja, varapuheenjohtaja taikka isännöitsijä on syyllistynyt tekoon tai laiminlyöntiin, josta saattaa seurata vahingonkorvausvelvollisuus yhtiötä kohtaan, taikka rikkonut asunto-osakeyhtiölakia tai yhtiöjärjestystä (AOYL 9 luvun 10 §). Toiminnantarkastusmuistiosta laissa ei ole määräyksiä.